Wetenschappers uit België hebben een onderzoek uitgevoerd om de perspectieven van artsen te begrijpen met betrekking tot de noodzaak van klinische toepassing van next-generation sequencing (NGS) in microbiologische laboratoria. Deze studie is gepubliceerd in het tijdschrift Grens in de geneeskunde.

Uit het onderzoek bleek dat de toepassing van NGS vooral wordt verwacht voor de diagnose van neurologische en luchtweginfecties.

Achtergrond

Het gebruik van next-generation sequencing (NGS) neemt toe in de klinische pathologie, genetica en kankerdiagnose. De wijdverbreide toepassing van deze waardevolle technologie als routinematig diagnostisch hulpmiddel in klinische microbiologische laboratoria staat echter nog steeds voor grote uitdagingen.

In de microbiologie is de toepassing van NGS meestal beperkt tot academische of referentielaboratoria. Het belangrijkste obstakel voor de toepassing ervan in de klinische microbiologie is het gebrek aan gestandaardiseerde protocollen of hulpmiddelen.

Belangrijke besluitvorming met betrekking tot technologie, operationele modellen, infrastructuur, personeelszaken en professionele expertise is vereist voordat NGS op grote schaal klinisch kan worden toegepast.

Om dergelijke besluitvorming te vergemakkelijken wordt momenteel een onderzoek uitgevoerd onder artsen die betrokken zijn bij infectieziekten, met als doel inzicht te krijgen in hun verwachtingen ten aanzien van de toegevoegde waarde van NGS voor de routinematige klinische zorg. Een ander doel van dit onderzoek is het identificeren van de factoren die het meest prioriteit behoeven.

Enquête ontwerp

Deze online enquête werd tussen januari en augustus 2019 uitgevoerd onder artsen die werkzaam waren in een ziekenhuis in Brussel, België. Dit onderzoek omvatte drie hoofdonderwerpen, waaronder kennis met betrekking tot NGS, de verwachte diagnostische waarde van NGS en de verwachte impact van het voorschrijven van antimicrobiële stoffen.

In totaal hebben 24 artsen de enquête ingevuld. Hiervan waren 65,5% specialisten op het gebied van infectieziekten, 25% specialisten op de intensive care en 12,5% kinderartsen op het gebied van infectieziekten.

Enquêteresultaten

De kennis van artsen over NGS werd geanalyseerd op een schaal van 0 tot 4, waarbij 0 ‘geen’ betekent en 4 ‘zeer goed’. Ongeveer 25%, 54,2%, 8,3% en 12,5% van de artsen beoordeelden ze respectievelijk op een schaal van 0, 1, 2 en 3.

Uit analyse van de antwoorden van de meeste artsen in het open veld bleek dat verschillende syndromen en monsters vaak negatief bleven ondanks een sterk vermoeden van infectie.

Volgens de verwachtingen van artsen kan NGS het hoogste diagnostische voordeel bieden voor neurologische en luchtweginfecties, gevolgd door hart-, bot- en gewrichtsinfecties.

Wat het type acute infectiemonster betreft, wordt verwacht dat NGS nuttig zal zijn voor het analyseren van hersenvocht (CSF), pericardiaal vocht, pleuraal vocht en prothetisch materiaal, omdat deze monsters vaak geen microbiologische documentatie hebben. Wat het type chronische infectiemonster betreft, wordt verwacht dat NGS voordelen zal bieden bij de analyse van prothesematerialen en monsters afkomstig van bot.

Ongeveer 83% van de artsen gaf aan empirische behandeling te overwegen vanwege een gebrek aan juiste identificatie van de veroorzakende ziekteverwekker. Concreet gaven de onderzoeksresultaten aan dat antibiotica in de meeste gevallen blindelings werden voorgeschreven, gevolgd door corticoïden- en antivirale voorschriften in respectievelijk 40% en 25% van de gevallen.

Alle artsen meldden dat ze patiënten met een laag aantal witte bloedcellen (neutropenische patiënten) dagelijks behandelden. Ongeveer 83% van de artsen meldde dat identificatie van de veroorzakende ziekteverwekker bij deze patiënten moeilijk was. Ongeveer 46% van de artsen meldde dat het gebrek aan microbiologische diagnoses te wijten was aan het gebrek aan gevoeligheid van routinematige diagnostische hulpmiddelen.

Betekenis

Dit onderzoek evalueert het potentiële gebruik van NGS als routinematig diagnostisch hulpmiddel in klinische microbiologische laboratoria. De kleine groep infectieziekteartsen die aan dit onderzoek hebben deelgenomen, heeft goede hoop dat NGS het potentieel heeft om de kwaliteit van microbiologische diagnoses te verbeteren, vooral voor neurologische en luchtweginfecties.

Op NGS gebaseerde identificatie van de daadwerkelijke ziekteverwekker zou het wijdverbreide gebruik van empirische behandelingen, die een belangrijke oorzaak zijn van antibioticaresistentie, kunnen voorkomen.

Uit dit onderzoek kwamen met name discrepanties naar voren tussen de verwachtingen van artsen en de daadwerkelijke prestaties, technische beperkingen en een gebrek aan vermogen om NGS in de klinische microbiologie te interpreteren. Daarom zijn er meer inspanningen nodig om de juiste infrastructuur te ontwikkelen, routinematige diagnostische protocollen te ontwerpen en professionele experts in te schakelen voor op NGS gebaseerde microbiologische diagnoses.