Whole Genome Sequencing (WGS) biedt nieuwe kansen om de bacteriële voedselveiligheid te verbeteren, maar brengt volgens Belgische experts ook enkele zorgen met zich mee.

Advies Het Wetenschappelijk Comité van het Federaal Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV) deed verschillende aanbevelingen over de toepassing van de technologie in België.

Verschillende door voedsel overgedragen pathogenen, waaronder Salmonella, Listeria monocytogenes en Shiga Toxin-productie E. coli (STEC), worden in dit rapport behandeld. Dit was de initiële focus van de WGS-database die is ontwikkeld door de Europese Autoriteit voor voedselveiligheid (EFSA) en het Europees Centrum voor ziektepreventie en -bestrijding (ECDC).

De commissie beveelt het FAVV, ook wel AFSCA of FAVV aan, aan om: begin met het maken van de overstap naar WGS voor de analyse van voedselisolaten in de nabije toekomst. Dit geeft laboratoria de tijd om ervaring op te doen en ervoor te zorgen dat ze over de nodige infrastructuur beschikken.

Huidige situatie en toekomstig potentieel
In België is het gebruik van WGS voor monitoring en controle van de voedselveiligheid niet geharmoniseerd, maar sommige laboratoria gebruiken de techniek. Het sequencen van het hele genoom wordt voornamelijk uitgevoerd om uitbraken te bevestigen en alleen in bepaalde gevallen om potentiële incidenten proactief te detecteren. Voor de voedingsmiddelenindustrie zijn de beschikbare WGS-gegevens beperkt en is er geen centrale database.

In de toekomst zal WGS de voorkeursmethode zijn voor bacteriële voedselveiligheidsonderzoeken, vanwege het hoge discriminerende vermogen en de geleidelijke eliminatie van oude typeringsmethoden internationaal. Het zal de technologie bij uitstek zijn voor onderzoek naar uitbraken, typen pathogenen, nationale surveillance en brontoewijzing, aldus de experts.

Ondanks het feit dat methoden en pijplijnen voor WGS-gegevensanalyse zich nog steeds ontwikkelen en verbeteren, wordt WGS gemakkelijk gebruikt bij uitbraakonderzoek en bewakingsactiviteiten. Er zijn echter beperkingen aan routinematige en uniforme implementatie. Er moeten inspanningen worden geleverd om de WGS-methodologie te valideren en het delen en vergelijken van gegevens te vergemakkelijken.

Bij het gebruik van WGS om stammen te subtyperen, als onderdeel van een onderzoek naar een uitbraak, moeten internationaal gevalideerde of erkende bio-informaticamethoden en -instrumenten worden gebruikt, en geïnterpreteerd in overeenstemming met de betrokken ziekteverwekker en rekening houdend met het epidemiologische bewijs en metagegevens over de stam. Deze gegevens moeten zaken bevatten als locatie, bron van isolatie, datum van verzameling, organisatie die verzameling uitvoert en naam van monster en stam.

De rol van epidemiologisch onderzoek
Deze technologie kan ook worden gebruikt om de aanwezigheid van ziekteverwekkers in voedselverwerkingsomgevingen te onderzoeken en om reinigings- en desinfectieprocessen op te volgen.

In juni 2022 zal een gezamenlijke Europese database opereren tussen de WGS EFSA-database met isolaten van voedingsproducten en het ECDC TESSy met klinische isolaten van mensen.

De commissie waarschuwt voor de juiste interpretatie van de resultaten en communicatie over de besmettingsbron tijdens de uitbraak. Zij bevelen aan dat de op de WGS gebaseerde resultaten over de associatie van stammen in onderzoek naar uitbraken worden geïnterpreteerd door een multidisciplinair team met inbegrip van microbiologen, bio-informatici en epidemiologen met voldoende expertise.

Het is niet mogelijk om een ​​duidelijke drempel te definiëren voor het aantal genetische verschillen tussen stammen uit dezelfde bron. De WGS-gegevens moeten worden gecombineerd met metadata die het epidemiologische deel van de uitbraak informeren, aldus de wetenschappers.

Ook is het moeilijk te voorspellen in hoeverre levensmiddelenbedrijven WGS gaan toepassen in hun zelfcontrole en in hoeverre zij bereid zijn data te delen.

(Om u aan te melden voor een gratis abonnement op Food Safety News, Klik hier.)